腺样体肥大：腺样体肥大与本病的关系密切。过去曾认为此乃因肥大的腺样体堵塞咽鼓管咽口所致。但最近的研究提示，腺样体的病因作用还与其作为致病菌的潜藏处（即慢性腺样体炎）容易引起本病的反复感染有关。

慢性鼻窦炎：有调查发现，本病患者中的慢性鼻窦炎发病率较非本病患者高。以往仅将其归因于脓液堵塞咽鼓管咽口及咽口周围的黏膜和淋巴组织因脓液的长期刺激而增生，导致咽口狭窄。新的研究还发现，此类患者鼻咽部slgA活性较低，细菌得以在此繁殖亦为原因之一。

鼻咽癌：鼻咽癌患者在放疗前后常并发本病。尤其在我国南方，成年人的分泌性中耳炎中，由鼻咽癌引起的比率相当高。其原因除癌肿的机械性压迫外，还与腭帆张肌、腭帆提肌、咽鼓管软骨及管腔上皮遭肿瘤破坏或放射性损伤，以及咽口的瘢痕性狭窄等因素有关。

此外，鼻中隔偏曲，鼻咽部（特别是咽鼓管咽口周围）存在瘢痕、良性肿瘤，以及全身性疾病（如淀粉样瘤，甲状腺功能减退，结核性肉芽肿以及艾滋病等所致的在鼻咽部病损等）也可为病因之一。

小儿的肌肉薄弱，软骨的弹性差，中耳容易产生负压；由于中耳负压的吸引，咽鼓管软骨段进一步向腔内下陷，管腔更为狭窄，甚者几近闭塞，如此形成了恶性循环。

由于细菌蛋白溶解酶的破坏，咽鼓管内表面活性物质减少，提高了管腔内的表面张力，影响了管腔的正常开放。